財政部臺北國稅局表示，藥商銷售藥品給藥局，倘屬醫師處方藥品，應開立二聯式統一發票，倘屬醫師、藥師、藥劑生指示藥品、成藥或其他貨物，則應開立三聯式統一發票。

該局說明，藥局除經營藥品調劑、供應業務外，倘兼營成藥、指示用藥及其他貨物銷售，同時具有執行業務者及營業人身分，須辦理稅籍登記，如每月營業額超過新臺幣20萬元，則需開立統一發票。藥局收入中，屬銷售藥品或其他貨物之收入，應依法課徵營業稅及營利事業所得稅；屬提供藥品調劑、供應之專業性勞務部分，則核屬主持藥師、藥劑生之執行業務所得，應依所得稅法相關規定報繳綜合所得稅。