最低稅負制主要是針對免稅所得加徵補充性稅捐，基本所得額在670萬元以下，沒有繳納基本稅額的問題。基本稅額要和應繳納的綜合所得稅額比較，綜合所得稅額高於基本稅額，繳納綜合所得稅額；基本稅額高於綜合所得稅額，則繳納基本稅額。為使適用租稅減免規定而繳納較低稅負，或甚至不用繳稅的企業或高所得個人，都能繳納最基本的稅額，2006年起實施最低稅負制，使高所得者對國家財政均有基本的貢獻，以維護租稅公平，確保國家稅收。

列入最低稅負的4項所得包括海外所得、特定保險給付、私募基金受益憑證的交易所得，及非現金的捐贈扣除額。上述4類免稅所得加上綜合所得淨額就是基本所得額，基本所得額減去670萬元扣除額再乘以20％，就是基本稅額。若納稅人屬我國居住者，有列入最低稅負的4項所得，基本所得額超過670萬元，而基本稅額大於一般綜合所得額，就要申報最低稅負，並依「基本稅額」繳稅。反之，就不用申報最低稅負。